馆藏自然标本较多。岩石、矿物、土壤、动植物和古生物化石标本共7万多件。历史文物、少数民族文物及绘画等共有3万多件。金代文物和赫哲族文物较为丰富。字画以现代画为重点,著名艺术大师潘天寿的作品收藏较多。“北大荒”版画早期的代表作也是馆藏特点。
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